A Faculdade de Ciências Naturais foi criada em 1963 para instalação dos Estudos Gerais Universitários de Angola, integrados na Universidade Portuguesa. ministrando apenas os Preparatórios Médico – Cirúrgico, e os cursos de Engenharia, Agronomia, Silvicultura, Medicina Veterinária e Ciências Pedagógicas.
O Decreto-Lei n.º 48790, de 28 de Dezembro de 1968, transformou os Estudos Gerais Universitários de Angola em Universidade de Luanda. Com esta transformação as licenciaturas passaram a ser ministradas totalmente em Angola, pois com os estudos gerais era necessário terminar os cursos em Portugal. Só em 1968 começaram a funcionar os cursos propriamente ditos da Faculdade de Ciências, a saber: Biologia, Engenharia Geográfica, Física, Geologia, Matemática e Química.
De 1980 a 1987 funcionaram os cursos de Geologia de Petróleo e Geofísica de Petróleo com o apoio especial da Bráspetro, ESPA e Ministério do Petróleo de Angola. O Curso de Geofísica foi criado em 1978 e passou ao estatuto de Departamento em 2002, ano em que foi aprovado pelo Senado da Universidade Agostinho Neto realizado em Cabinda. Em 2000 realizou-se uma reforma curricular para todos os cursos.
O curso de Ciências de Computação teve início em 2006. De 1969 a 1975 funcionou na cidade do Lubango uma secção com designação de Secção de Matemática e Engenharia Geográfica de Sá da Bandeira na total dependência da Faculdade de Ciências em Luanda. Esta Secção passou teoricamente em 1975 para Departamento Autónomo para ministrar Matemática Aplicada, Engenharia Geográfica e Matemática (Ramo ensino) mas os acontecimentos políticos que antecederam a independência, levaram ao seu encerramento.
